微生物除磷菌属于异养菌，水中有机物的多少直接关系到除磷菌在厌氧状态下顺利生存的主要原因。一般认为，进水中COD/TP要大于15，才能保证聚磷菌有足够的基质，从而获得理想的除磷效果。
水中有机物充足，可以满足异养菌脱氮除磷时，不需要额外添加碳源。但由于大部分城镇污水及工业废水中，氮、磷浓度高，而有机物不能完全满足反硝化菌、聚磷菌正常新陈代谢（脱氮除磷)需求。需要另外投加碳源。（外加碳源以葡萄糖、乙酸钠、甲醇及新型复合碳源等为主）
微生物除磷需要添加多少碳源
微生物除磷除了添加碳源外，还需注意在不同阶段，水中的溶解氧的量；生化系统温度、pH值、泥龄等。
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