我们通常说的废水中磷超标，主要指两方面，一个是生化进水/出水磷超标，另一个是原水磷超标或物化后端磷超标。前者出水磷超标主要是生化系统存在工艺、菌剂、碳源及其它问题所引起的生化除磷效果不佳。后者则可能是药剂选择、投加量、位置的影响。不同含磷废水根据其特点选择不同工艺，不同处理工艺导致总磷超标的原因不同。
1.生活污水、食品废水等成分单一、有机磷含量高，可生化性强的废水或浓度较低、+5价磷结构的工业废水，都比较适合使用生物除磷法。其出现总磷超标原因多为前端进水水质超标的生化系统脱磷负荷。
2.对于盐分大，总磷浓度高，磷结构复杂的电镀、线路板、阳极氧化等废水，通常采用物化除磷法。常见的有先进行一级氧化处理，将次亚磷转化为可正常混凝沉降的正磷，再通过物化或生化法进行处理。此类废水磷超标主要是将次亚磷误当正磷，而普通混凝不能使次亚磷处理达标，处理效果不佳。
3.造纸废水等以正磷酸盐为主的废水出现出水总磷超标，多由于进水水质超出原处理系统负荷，选择不当，投加使用不当或排放要求提高后，原处理工艺不能满足要求所导致。
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