农药废水中含有大量苯、有机磷、高浓度盐、酚、砷、汞等有毒害物质，难以直接进入生化系统，处理难度大，危害性大。
在污水处理中，通常采用物理处理法对农药废水中有用成分进行回收，并对水中难以生化降解的成分进行预处理，提高污水的可生化性。采用化学处理法，如投加、COD降解
剂等药剂进行化学混凝反应或采用化学氧化法等进行处理。而农药废水中含有大量有机物，在经过前期处理后，达到可生化性的，可在末端设置活性污泥法、生物膜法、曝气法、厌氧生物处理法及高效降解菌法等生化降解方法进行处理。
在实际应用中，可考虑采用“微电解+UASB+生物接触氧化+混凝+芬顿+过滤”的组合处理方法。微电解是利用铁屑中的铁和碳组分构成微小原电池的正极和负极，以充入的废水为电解质溶液，发生氧化-还原反应，形成原电池。新生态的电极产物活性极高，能与废水中的有机污染物发生氧化还原反应，使其结构、形态发生变化，完成难处理到易处理、由有色到无色的转变。UASB反应器中进行厌氧处理后的出水可进入生化接触氧化池，再利用微生物降解有机物，而后进入混凝池，通过化学混凝反应去除废水中的杂质，再通过芬顿反应池依次经过改性陶瓷膜、中空纤维膜进行过滤处理，过滤后的废水再经过活性炭吸附处理后达标排放。此方法可有效去除废水中的有机磷、次亚磷、高浓度有机物等，达到排放标准。
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