与投加化学除磷相比，生化除磷的影响因素比较多，当出现生化出水总磷超标时，排除进水水质水量突变，超过原污水处理负荷外，还可以从以下几方面进行排查及处理。
1.厌氧-好氧生物除磷工艺是一种高F/M低SRT系统。当F/M较高，SRT较低时，剩余污泥排放量也就较多。一般建议，在生化除磷中，F/M为0.4～0.7kgBOD/kgMLSS•d。
2.厌氧区中的BOD/TP大于20。这是由于聚磷菌属于不动菌，生理活动较弱，只摄取有机物中易于分解的部分。因此，需要注意水中的B/T比。这里需要注意的是与反硝化相比，其对有机物更挑剔，如果同时进行脱氮除磷，会存在碳源抢夺问题。
3.厌氧区溶解氧低于0.2mg/L，好氧区溶解氧高于0.2mg/L。这是由于生化除磷是由聚磷菌在好氧时吸磷，在厌氧时释磷的特性所决定。
4.在厌氧-好氧除磷中需保持足够的回流比，防止聚磷菌在二沉池内遇到厌氧环境发生磷的释放。当污泥沉降良好时，回流比建议在50～70%范围内，在厌氧区水力停留时间为1.5-2小时，在好氧区停留时间则建议在4-6小时。
5.pH值：正常来说低pH值有利于磷的释放，高pH有利于磷的吸收，而除磷效果是磷释放和吸收的综合。因此在生物除磷系统中，宜将混合液的pH控制在6.5～8.0的范围内。
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