当生化除磷系统出现总磷超标时，可以采取以下应急处理措施：
调节工艺参数：
调整微生物的营养比例、溶解氧（DO）浓度、污泥浓度等，以优化生化处理效果。确保厌氧段的溶解氧控制在0.2 mg/L以下，好氧段的溶解氧控制在2 mg/L以上，以满足聚磷菌的新陈代谢需求。
调整温度：
如果是因为温度过低导致的总磷升高，可以考虑适当提高生化池内的水温，但考虑到成本和实际操作难度，这可能不是所有情况下都可行。
添加：
投加化学除磷药剂如铝盐（例如PAC）或铁盐（例如PFS），这些药剂可以通过混凝沉淀的方式快速与废水中的磷酸盐结合形成不溶性沉淀物，从而达到去除磷的目的。
选择合适的，比如文中提到的JP-3，它可以在较低用量的情况下显著降低总磷含量，并且对pH值影响较小。
改进生物处理：
如果是由于生物处理效果不佳导致的总磷超标，可以考虑投加聚磷菌或其他增效菌来增强系统的生物除磷能力。
增加吸附处理：
将澄清池改为吸附池，并向其中投加活性炭等吸附剂，以吸附分离污水中的磷。
检查并优化运行条件：
检查是否因为进水水质水量超负荷、排泥不畅及药剂选用或使用不当等原因造成的问题，并进行相应的调整。
监控和维护：
加强对污水处理过程的监控，及时发现并解决可能导致总磷超标的问题，同时定期维护设备，保证其正常运转。
根据具体情况，可以选择一种或多种方法组合使用，以尽快使出水总磷浓度恢复到标准范围内。在实施任何措施之前，建议先进行小规模试验，以确定最有效的解决方案。此外，长期来看，还需要分析超标原因，从根源上解决问题，避免再次发生类似情况。
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