污水除磷效果受多种因素的影响，包括但不限于以下方面：
1. 温度
温度对除磷效果的影响不如对生物脱氮过程的影响那么明显，但在一定温度范围内，温度变化不是特别大时，生物除磷都能成功运行。实验表明，温度在10摄氏度以上时生物除磷效果更好，因为聚磷菌在低温时生长速度会减慢。
2. pH值
在pH值在6.5到8.0之间时，聚磷微生物的含磷量和吸磷率保持稳定。当pH值低于6.5时，吸磷率急剧下降。pH值突然降低，无论在好氧区还是厌氧区磷的浓度都会急剧上升，pH降低的幅度越大释放量越大。pH下降引起的释放是破坏性的，无效的。pH升高时则出现磷的轻微吸收。
3. 溶解氧（DO）
厌氧区的DO应严格控制在0.2mg/L以下，而好氧区的溶解氧控制在2mg/L左右。在厌氧区内，溶解氧的存在会作为最终电子受体而抑制厌氧菌的发酵产酸作用，妨碍磷的释放；而在好氧区内，则需要供给足够的溶解氧，以满足聚磷菌对储存的PHB进行降解，释放足够的能量供其过量摄磷之需。
4. 厌氧区硝态氮
硝态氮包括硝酸盐氮和亚硝酸盐氮，其存在会消耗有机基质而抑制聚磷菌对磷的释放，从而影响在好氧条件下聚磷菌对磷的吸收。另外，硝态氮的存在会被部分生物聚磷菌（如气单胞菌）利用作为电子受体进行反硝化，进而影响其以发酵中间产物作为电子受体进行发酵产酸，从而抑制了聚磷菌的释磷和摄磷能力及PHB的合成能力。
5. 污泥龄（SRT）
由于生物脱磷系统主要是通过排除剩余污泥去除磷的，因此剩余污泥量的多少将决定系统的除磷效果。而污泥龄的长短对污泥的摄磷作用及剩余污泥的排放量有着直接的影响。一般来说，污泥龄越短，污泥含磷量越高，排放的剩余污泥量就越多，越可以取得较好的脱磷效果。
6. BOD/TP比值
进水中的BOD/TP比值要大于15，才能保证聚磷菌有足够的基质，从而获得理想的除磷效果。不同的有机物为基质时，磷的厌氧释放和好氧摄取是不同的。相对分子质量较小的易降解的有机物（如低级脂肪酸类物质）易于被聚磷菌利用，将其体内储存的多聚磷酸盐分解释放出磷，诱导磷释放的能力较强，而高分子难降解的有机物诱导释磷的能力较弱。
7. 回流比（R）
A/O工艺保证除磷效果的极为重要的一点，就是使系统污泥在曝气池中“携带”足够的溶解氧进入二沉池，其目的就是为了防止污泥在二沉池中因厌氧而释放磷。但如果不能快速排泥，二沉池内泥层太厚，再高的DO也无法保证污泥不厌氧释磷。因此，A/O系统的回流比不宜太低，应保持足够的回流比，尽快将二沉池内的污泥排出。但过高的回流比会增加回流系统和曝气系统的能源消耗，且会缩短污泥在曝气池内的实际停留时间，影响BOD5和P的去除效果。
8. 水力停留时间（HRT）
对于运行良好的城市污水生物脱氮除磷系统来说，一般释磷和吸磷分别需要1.5～2.5小时和2.0～3.0小时。厌氧段的HRT太短，将不能保证磷的有效释放，而且污泥中的兼性酸化菌不能充分地将污水中的大分子有机物分解为可供聚磷菌摄取的低级脂肪酸，也会影响磷的释放；HRT太长，也没有必要，既增加基建投资和运行费用，还可能产生一些副作用。
9. 糖原
糖原是由多个葡萄糖组成的带分枝的大分子多糖，是胞内糖的贮存形式。聚磷菌中糖原在好氧环境下形成，储存能量在厌氧环境下代谢形成为PHAs的合成的原料NADH并为聚磷菌代谢提供能量。所以在延迟曝气或者过氧化的情况下，除磷效果会很差，因为过量曝气会在好氧环境下消耗一部分聚磷菌体内的糖原，导致厌氧时形成PHAs的原料NADH的不足。
10. 硝酸盐含量
硝态氮的存在也会消耗有机基质而抑制聚磷菌对磷的释放，进而影响好氧条件下聚磷菌对磷的吸收。另外，硝态氮的存在会被部分聚磷菌作为电子受体进行反硝化，从而影响其以发酵产物作为电子受体进行发酵产酸、抑制聚磷菌的释磷和摄磷能力及PBH的合成能力。
11. 污泥负荷与污泥龄
厌氧-好氧生物除磷工艺是一种高F/M低SRT系统。当F/M较高，SRT较低时，剩余污泥排放量也就较多。因而，在污泥含磷量一定的条件下，除磷量也就越多，除磷效果越好。对于以除磷为主要目的生物系统，通常F/M为0.4～0.7kgBOD/kgMLSS•d，SRT为3.5～7d。
12. BOD/TP
要保证除磷效果，应控制进入厌氧区的污水中BOD/TP大于 20。由于聚磷酸菌属不动菌属，其生理活动较弱，只能摄取有机物中极易分解的部分。因此，进水中应保证BOD5的含量，确保聚磷酸菌正常的生理代谢。但许多城市污水处理厂实际进水存在碳源偏低，氮、磷等浓度较高等现象，导致BOD5/TP值无法满足生物除磷的需要，影响了生物除磷的效果。
13. 回流比与水力停留时间
厌氧-好氧除磷系统的的回流比不宜太低，应保持足够的回流比，防止聚磷菌在二沉池内遇到厌氧环境发生磷的释放。在保证快速排泥的前提下，应尽量降低回流比，以免缩短污泥在厌氧区的实际停留时间，影响磷的释放。在厌氧-好氧除磷系统中，若污泥沉降性能良好，则回流比在50～70%范围内，即可保证快速排泥。污水在厌氧区的水力停留时间一般在1.5～2.0h的范围内。停留时间太短，一是不能保证磷的有效释放，二是污泥中的兼性酸化菌不能充分地将污水中的大分子有机物分解成低级脂肪酸，以供聚磷菌摄取，从而影响磷的释放。污水在好氧区的停留时间一般在4～6h，这样即可保证磷的充分吸收。
14. 硝酸盐含量
硝态氮的存在也会消耗有机基质而抑制聚磷菌对磷的释放，进而影响好氧条件下聚磷菌对磷的吸收。另外，硝态氮的存在会被部分聚磷菌作为电子受体进行反硝化，从而影响其以发酵产物作为电子受体进行发酵产酸、抑制聚磷菌的释磷和摄磷能力及PBH的合成能力。
综上所述，为了确保有效的污水除磷，需要综合考虑并优化上述各个因素。通过科学管理和合理控制这些变量，可以提高除磷的效率，达到更好的污水处理效果。
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